当使用 -jar 命令运行 Java 应用程序时，Java 虚拟机 (JVM) 会忽略任何设置的 -javaagent 命令。这是因为 -jar 命令会覆盖其他命令行选项，包括 -javaagent。

这是因为 -jar 命令是用于运行打包为 JAR 文件的 Java 应用程序的快捷方式。它会忽略其他命令行选项并直接运行 JAR 文件的主类。

如果你想同时使用 -jar 和 -javaagent 命令，可以考虑使用 java 命令来运行应用程序。以下是一个示例命令：

java -javaagent:agent.jar -jar app.jar

在这个示例中，agent.jar 是你想要使用的代理程序的 JAR 文件，app.jar 是你的应用程序的 JAR 文件。